工程承包变更费用仲裁时效起算点，依据《民法典》，一般为当事人知道或应当知道其权利受到侵害之日。

在工程承包中，若变更费用产生争议，若合同有明确约定付款时间，从该约定时间届满之日起算仲裁时效。例如合同约定变更费用在工程变更确认后30天内支付，30天期满未支付，此时仲裁时效开始计算。

若合同未约定付款时间，自权利人主张权利而义务人拒绝履行义务之日起算。若权利人第一次向义务人主张变更费用，义务人明确表示拒绝支付，那么该拒绝日即为仲裁时效起算点。

实践中，需注意保留主张权利等相关证据，以便准确确定起算点。
工程承包变更费用仲裁时效无特殊规定，适用《民法典》规定的一般诉讼时效，即三年。该时效自当事人知道或应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。

若在时效期间内，一方通过书面主张、提起仲裁等方式向对方主张权利，或对方同意履行义务，会产生时效中断的效果，时效期间重新计算。若存在不可抗力等导致当事人不能行使请求权的障碍，在时效期间的最后六个月内，会产生时效中止的效果，自中止时效的原因消除之日起满六个月，时效期间届满。所以在遇到工程承包变更费用纠纷时，应及时主张权利。